Die Landesbehörde für Verfassungsschutz in Mecklenburg-Vorpommern ist als Abteilung II 5 eine Abteilung des Innenministeriums. Sie wird wie alle anderen Abteilungen von einem Abteilungsleiter geleitet. Die Verfassungsschutzabteilung gliedert sich derzeit in vier Referate. Die genaue Organisation ist der Organisationsstruktur zu entnehmen.
Im Haushaltsjahr 2006/2007 stehen der Verfassungsschutzbehörde MV Haushaltsmittel in Höhe von 1.310.600 € für 2006 und 1.203.300 € für 2007 zur Verfügung. Die anteiligen Kosten des Landes MV an der Schule für Verfassungsschutz (als gemeinsame Bund/Länder-Einrichtung) betragen 24.000 € für 2006 und 24.000 € für 2007.